一般發酵罐的高徑比為1.7-2.5之間，高徑比大有利于傳熱和溶氧，攪拌剪切力大。發酵罐的攪拌裝置包括機械攪拌和非機械攪拌。通風發酵的攪拌裝置包括電動機、傳動裝置、攪拌軸、軸密封裝置和攪拌槳。機械攪拌的目的是迅速分散氣泡和混合加入物料。一個攪拌槳要同時達到這兩個目的，有時是矛盾的。例如，達到混合功能需要大直徑的攪拌器和采用低轉速運轉，而提高分散氣泡效果則需要多葉片、小直徑和大的轉速。電動機輸入功率決定于攪拌槳形式和其他發酵罐部件。發酵罐內常安裝4塊擋板以增加混合、傳熱和傳質效率。擋板之寬度為發酵罐直徑的10%~12%，擋板越寬則混合效果越好。在好氣深層發酵罐中，來自無菌空氣系統的壓縮空氣通過空氣分布器射入發酵罐內，分布器有單孔管式和多孔管式。安裝方式各異，一般安裝在最下面一檔攪拌器的下方，但都要注意防止氣孔被發酵液中的菌體或固體顆粒堵塞。有的空氣分布器帶有放水結構，使放罐后沒有發酵液殘留在管子里。通氣速度以滿足微生物發酵的需要為準，在使溶氧在臨界氧深度之上。它決定于系統的設計和操作。空氣流速的上限速度是空氣能有效地被攪拌槳分散，這和攪拌槳形式和轉速有關。